基于多模態數據與機器學習構建弗里德賴希共濟失調高敏感復合生物標志物的研究

《Scientific Reports》:Predictive machine learning and multimodal data to develop highly sensitive, composite biomarkers of disease progression in Friedreich ataxia

【字體: 時間:2025年05月22日 來源:Scientific Reports 3.8

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  本研究針對弗里德賴希共濟失調(FRDA)缺乏敏感生物標志物的臨床困境,通過整合多模態神經影像(結構MRI、擴散MRI、QSM)與背景數據,采用彈性網絡(elasticnet)機器學習模型,成功開發出預測FARS評分準確率達R2=0.79的復合生物標志物。該復合標志物對2年疾病進展的敏感性(Cohen's d=1.12)超越傳統FARS評分(d=0.88),為FRDA臨床試驗提供了更客觀、敏感的評估工具,并為其他罕見神經退行性疾病的生物標志物開發提供新范式。

  

弗里德賴希共濟失調(FRDA)是一種罕見的遺傳性神經系統疾病,患者的小腦、脊髓和腦干會逐漸退化,導致運動協調障礙日益加重。這種疾病如同一個緩慢運轉的"生物鐘",患者只能眼睜睜看著自己的身體機能一點點喪失。更令人沮喪的是,當前臨床評估主要依賴醫生主觀評分的FARS量表,其敏感性不足且存在較大變異性。在最近一項系統評價中,FARS量表評估治療效果的證據等級被評定為"非常低"。這就像試圖用一把刻度模糊的尺子來測量頭發絲的細微生長——現有的評估工具難以捕捉疾病緩慢進展的微妙變化,嚴重阻礙了新藥研發的進程。

面對這一挑戰,澳大利亞莫納什大學的研究團隊開展了一項開創性研究。他們從IMAGE-FRDA縱向研究中納入31名FRDA患者和31名健康對照,采集包括人口統計學特征、疾病史、遺傳數據等背景信息,以及結構MRI、擴散張量成像(DTI)和定量磁化率成像(QSM)等多模態神經影像數據。研究采用彈性網絡(elasticnet)機器學習回歸模型,通過10折10次重復交叉驗證,尋找預測FARS評分的最佳變量組合。

研究結果顯示,結合背景數據和全部神經影像指標的模型預測性能最優(R2=0.79,RMSE=13.19)。其中疾病持續時間、左側齒狀核磁化率、小腦下腳的平均/徑向擴散系數等指標對預測貢獻最大。特別值得注意的是,該復合標志物對2年疾病進展的敏感性(Cohen's d=1.12)顯著優于單獨使用FARS評分(d=0.88)。研究還通過SARA量表進行了外部驗證,證實了該方法的穩健性。

在方法學層面,研究有幾個關鍵創新:首先采用彈性網絡回歸處理高維小樣本數據,通過網格搜索優化超參數(α=0-1,λ=0-20);其次通過自助法(bootstrap)評估變量重要性,發現小腦上腳體積、小腦I-IV葉體積等指標具有穩定的負向預測權重;最后將疾病持續時間分段處理(以10年為界),更準確地反映疾病進展的非線性特征。

研究結果部分揭示了多個重要發現:

  1. 預測性能比較:背景+全神經影像組合模型表現最佳,其次是背景+結構+擴散模型(R2=0.77)。單獨的QSM模型預測能力最差(R2=-0.08)。
  2. 變量重要性:疾病持續時間是最強預測因子,小腦下腳的分數各向異性(fa)則呈現穩定的負相關。這些發現與既往FRDA神經病理學研究高度一致。
  3. 疾病進展敏感性:背景+全神經影像復合標志物的敏感性(d=1.12)超越FARS,且對照組中未出現類似變化,表明其良好的特異性。
  4. SARA驗證:相同方法構建的SARA替代復合標志物也顯示出優越性能(R2=0.72,d=1.09),證實方法的普適性。

在討論部分,研究者指出這項工作的多重意義:首先,這是首次將機器學習應用于FRDA多模態生物標志物整合研究,突破了單一生物標志物的局限性;其次,復合標志物的敏感性優勢有望縮短臨床試驗周期,降低研發成本;再者,研究方法為其他罕見神經退行性疾病提供了可借鑒的范式。但研究也存在樣本量有限、缺乏獨立驗證隊列等局限,未來需要通過TRACK-FA等大型研究進一步驗證。

這項發表于《Scientific Reports》的研究開辟了FRDA評估的新途徑。就像組裝一臺高精度顯微鏡,研究者將分散的生物信息碎片整合成清晰的疾病圖譜,為攻克這一"孤兒病"提供了強有力的科研工具。隨著更多數據模態(如可穿戴設備、液體活檢)的加入,這種"數字生物標志物"有望實現真正的個體化醫療,讓每位FRDA患者都能獲得精準的疾病監測和治療方案。

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