空間轉錄組的組織在多種細胞過程和疾病中具有關鍵作用。然而，由于在特定亞細胞區域擾動內源性 RNA 的技術有限，空間轉錄組的功能影響在很大程度上尚未被探索。本文介紹了 CRISPR 介導的轉錄組組織（CRISPR-TO）系統，該系統利用 RNA 引導的核酸酶失活 dCas13，實現活細胞內源性 RNA 定位的可編程控制。CRISPR-TO 能夠將內源性 RNA 靶向定位到各種亞細胞區室，包括線粒體外膜、加工小體（P-bodies）、應激顆粒、端粒和核應激體，適用于多種細胞類型。它允許通過運動蛋白沿微管進行誘導型和可逆的雙向 RNA 運輸，便于實時操縱和監測活細胞中 RNA 定位的動態變化。在原代皮質神經元中，研究表明重新定位的 mRNA 會沿神經突和神經突尖端進行局部翻譯，并與核糖體共同運輸，其中 β- 肌動蛋白（β-actin）mRNA 的定位可增強動態絲狀偽足突起的形成并抑制軸突再生。通過 CRISPR-TO 在原代神經元中進行的篩選發現，Stmn2 mRNA 的定位是神經突生長的驅動因素。CRISPR-TO 通過實現空間轉錄組的大規模擾動，彌補了測序和成像技術留下的關鍵空白，為活細胞和生物體中 RNA 定位的高通量功能研究提供了通用平臺。