神經元功能的多樣性不僅取決于基因表達差異，更與選擇性剪接(alternative splicing)密切相關。然而由于單細胞RNA測序(scRNA-seq)的低捕獲效率，神經元亞型特異性剪接模式的研究長期面臨技術瓶頸。線蟲(C. elegans)因其完整的神經元圖譜和遺傳可操作性，成為破解這一難題的理想模型。

美國研究人員Zachery Wolfe和Adam Norris團隊利用CeNGEN聯盟提供的46種神經元深度轉錄組數據，結合自主開發的生物信息學工具，首次在單細胞分辨率系統繪制了神經元剪接圖譜。研究通過"獨特性指數"(uniqueness index)算法，發現52%的差異剪接事件為內含子保留(intron retention)，遠超傳統認知的 cassette exon事件(7%)。更突破性的是，揭示了泛神經元基因(如dgk-1、unc-31)通過細胞特異性異構體實現功能特化的新范式，并鑒定出SUP-12/RBM24等RNA結合蛋白(RBP)的調控作用。該成果發表于《Nature Communications》。

關鍵技術包括：1) 基于CeNGEN聯盟提供的46種神經元RNA-seq數據(含生物學重復)；2) 開發JUM算法分析6類剪接事件；3) 構建雙熒光報告系統驗證剪接模式；4) 創建VISTA-SPLICE空間可視化平臺。

【深度轉錄組揭示細胞特異性剪接模式】
通過分析2070組神經元兩兩比較數據，發現unc-31基因第3外顯子在AVL神經元包含率(78%)顯著高于AVG神經元(1%)，呈現連續梯度變化。全局分析顯示不同剪接類型(如A5SS與A3SS)間存在強相關性(R²=0.82)，但與基因表達譜無關，證實剪接調控的獨立性。

【泛神經元基因的獨特性異構體】
在352個泛神經元基因中鑒定出細胞特異性剪接變異，如dgk-1基因在DA/VB運動神經元選擇性使用下游3'剪接位點，產生含31個氨基酸的獨特C端，而抑制性運動神經元(VD/DD)僅表達經典異構體。轉基因報告系統證實該模式與興奮/抑制神經元分類精確對應。

【OLL感覺神經元的3'剪接位點偏好】
OLL神經元呈現獨特的剪接特征：83%的A3SS事件優先選擇上游位點，如rskn-1基因上游位點使用率達75%(其他神經元<5%)，這種剪接類型特異性在其他神經元中未見。

【調控機制解析】
通過遺傳篩選發現：觸覺神經元(AVM/PVM)中，SUP-12特異性調控unc-40外顯子包含，而MEC-8調控lgc-31外顯子跳躍。結合既往發現的MBL-1，揭示觸覺神經元采用三種獨立RBP通路建立特異性剪接模式。

該研究建立了單神經元剪接圖譜的分析范式，突破性地揭示：1) 內含子保留是神經元差異剪接的主要形式；2) 泛神經元基因通過細胞特異性異構體實現功能多樣化；3) 單個神經元可整合多種RBP通路精細調控剪接。VISTA-SPLICE平臺的創建為領域研究提供了可視化工具。這些發現為神經發育疾病中剪接異常的研究提供了新思路，特別是SUP-12等RBP在神經元亞型特異性調控中的新角色，為神經退行性疾病的機制研究開辟了新方向。