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基于計算生物學的人類AVPR1a基因有害非同義SNPs與自閉癥關聯研究
《BMC Genomics》:In-silico analysis of deleterious non-synonymous SNPs in the human AVPR1a gene linked to autism
【字體: 大 中 小 】 時間:2025年05月16日 來源:BMC Genomics 3.5
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為解決自閉癥譜系障礙(ASD)的遺傳機制問題,研究人員通過計算生物學方法系統分析了AVPR1a基因的非同義單核苷酸多態性(nsSNPs),鑒定出23個有害突變體,并揭示其對蛋白結構、穩定性和功能的影響。研究結合分子對接和動力學模擬,發現5個關鍵突變(R284W/Y140S/P107L/R149C/F207V)顯著改變蛋白-配體相互作用,為ASD的精準治療提供新靶點。
自閉癥譜系障礙(ASD)是一種復雜的神經發育疾病,遺傳因素貢獻度超過90%。盡管已知多個基因與ASD相關,但AVPR1a基因——編碼精氨酸加壓素受體1A(V1aR)——因其在社交行為調控中的關鍵作用備受關注。動物模型研究表明,AVPR1a通過調節催產素和加壓素信號通路影響社會認知、焦慮和攻擊行為。然而,該基因的遺傳變異如何導致人類ASD仍不清楚。尤其值得注意的是,先前研究發現AVPR1a啟動子區的微衛星多態性(如RS1和RS3)與ASD顯著相關,但對其編碼區的功能突變研究仍存在空白。
為解決這一問題,來自拉杰沙希大學遺傳工程與生物技術系的研究團隊在《BMC Genomics》發表了開創性研究。他們采用多學科交叉策略,首次系統評估了AVPR1a基因402個非同義單核苷酸多態性(nsSNPs)的功能影響,通過計算生物學方法鑒定出23個最具破壞性的突變體,并深入解析了5個關鍵突變對蛋白結構和功能的分子機制。
研究主要采用以下關鍵技術:1)從dbSNP數據庫獲取AVPR1a基因變異數據;2)使用SNPnexus、PROVEAN等6種算法篩選有害nsSNPs;3)通過AlphaFold2預測突變蛋白三維結構;4)采用PyRx進行93種自閉癥相關藥物分子的對接分析;5)利用GROMACS進行200納秒分子動力學(MD)模擬驗證穩定性。
研究結果部分,"檢索SNPs數據集"顯示AVPR1a基因存在4190個SNPs,其中402個為nsSNPs。"GeneMANIA基因互作網絡"分析揭示了AVPR1a與社交行為相關基因的共表達網絡。"有害nsSNPs篩選"通過多算法交叉驗證,最終鎖定23個高危害突變,如R85H和D202N等,其SIFT得分為0、PolyPhen得分為1,提示極強破壞性。"蛋白穩定性分析"顯示這些突變多數降低蛋白穩定性(如C203G使△△G達-3.26869)
"結構域分析"發現22個突變位于七次跨膜結構域(GPCR_Rhodpsn_7TM),這是受體信號轉導的核心區域。"保守性分析"證實所有突變位點在進化中高度保守(預測蛋白評分7-9)。特別值得注意的是"PTM位點影響"部分,S182N突變直接位于磷酸化修飾位點,而P107L和Q108H則位于MHC結合區域,暗示其可能影響免疫應答。
在"分子對接"實驗中,突變體F207V表現出完全不同于野生型的藥物結合模式,其與Balovaptan的結合能為-8.2 kcal/mol。MD模擬顯示,R284W_5073復合物在101-200 ns期間保持最穩定構象(Rg值最低),而Y140S_115237在C端結構域(380-418殘基)出現顯著波動,這為解釋臨床表型變異提供了結構基礎。
研究結論部分強調,這是首個全面評估AVPR1a編碼區nsSNPs的計算生物學研究。發現的23個有害突變中,5個關鍵突變(R284W/Y140S/P107L/R149C/F207V)通過改變受體三維結構、配體結合口袋和翻譯后修飾位點,可能顯著影響AVPR1a的神經信號傳導功能。特別值得注意的是,這些突變多位于進化保守區域和功能結構域,其破壞性得到多算法一致預測(如MutPred2評分>0.9)。
該研究的臨床意義在于:1)為ASD的遺傳診斷提供了新的分子標記;2)通過揭示突變特異的藥物結合模式,為個性化治療提供依據(如建議R284W攜帶者使用Risperidone);3)建立的綜合分析框架可推廣至其他神經精神疾病研究。未來研究需在動物模型中驗證這些計算預測,并探索突變如何影響AVPR1a在特定腦區的表達調控。這項工作為理解ASD的"基因-腦-行為"通路邁出了關鍵一步。
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