《Chemico-Biological Interactions》：Recent progress of proline endopeptidase ligands and their effects on protein-protein interactions
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本文系統綜述脯氨酸內肽酶（PREP）的配體研究進展，聚焦其構效關系（SAR）、特異性識別機制及對蛋白質 - 蛋白質相互作用（PPIs）的調控作用，分析現有熒光底物局限性，展望抑制劑開發障礙與方向，為精準探針和藥物設計提供參考。
脯氨酸內肽酶（PREP）作為絲氨酸蛋白酶家族（S9 peptidase family）的重要成員，在哺乳動物多種組織和細胞中廣泛分布，尤其在大腦皮層、紋狀體、下丘腦、海馬和杏仁核等區域表達顯著。其兼具內肽酶活性與調節蛋白質 - 蛋白質相互作用（PPIs）的雙重功能，在生理與病理過程中扮演關鍵角色。
從酶學功能來看，PREP 作為 Ⅰ 相代謝關鍵酶，參與多種生物活性肽的代謝。研究表明，其在體外可選擇性降解麥醇溶蛋白肽，為乳糜瀉的治療提供潛在策略；在代謝功能障礙相關脂肪肝疾病發展中，能與基質金屬蛋白酶（MMP8/9）協同水解膠原蛋白降解產物，生成脯氨酰 - 甘氨酰 - 脯氨酸（PGP），其乙�；a物 Ac-PGP 可作為中性粒細胞趨化因子和激活劑，推動炎癥性疾病進展。
在蛋白質 - 蛋白質相互作用方面，PREP 通過 PPIs 加速 α- 突觸核蛋白（α-Syn）和 Tau 蛋白的聚集過程，其與蛋白磷酸酶 2A（PP2A）形成的復合物會降低 PP2A 酶活性，導致自噬減少和活性氧（ROS）生成增加，形成惡性循環，加劇帕金森病、阿爾茨海默�。ˋD）等神經退行性疾病的發生發展。
PREP 抑制劑作為其重要配體，可分為三類：第一類同時抑制酶活性并通過結合 PREP 調節 PPIs，如 KYP-2047，既能降低 PREP 活性，又可減少 α-Syn 聚集并增加自噬；第二類僅抑制酶活性，如 S17092；第三類僅調節 PPIs，如弱抑制劑 HUP-46，其對 PPIs 的調節作用在某些方面甚至強于 KYP-2047，但目前 PREP 抑制劑調節 PPIs 的機制尚不清楚。
現有評估 PREP 活性的主要方法是使用外源性光學底物檢測，然而這些底物常受限于檢測波長，且部分同時作為其他絲氨酸肽酶的底物，影響復雜生物體系中 PREP 活性檢測的準確性與靈敏度，易產生假陽性或假陰性結果，制約了對 PREP 蛋白生理功能的深入了解。此外，關于疾病狀態下某些組織中 PREP 肽酶活性水平存在爭議，如 AD 患者腦組織中 PREP 活性水平有降低和升高兩種相反的研究報道，因此開發 PREP 特異性底物對進一步探究其生理功能及與相關疾病發生發展的關系具有重要意義。
盡管研究表明 PREP 抑制劑可影響 α-Syn 的聚集和自噬，是治療神經退行性疾病的潛在藥物，但目前尚未轉化為商用藥物。本綜述基于 PREP 的結構和分布特點，總結 PREP 配體的構效關系、相關識別機制及其對 PPIs 的影響，為開發新一代高效精準的探針底物和抑制劑提供依據，同時強調 PREP 配體研究面臨的障礙及未來展望。
