PCNA激活FAN1核酸酶的結構與分子機制解析:揭示DNA修復中亨廷頓病早發的關鍵分子基礎

《Nature Communications》:Structural and molecular basis of PCNA-activated FAN1 nuclease function in DNA repair

【字體: 時間:2025年05月15日 來源:Nature Communications 14.7

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  為解決FAN1基因突變如何導致亨廷頓病(HD)早發這一科學難題,研究人員通過冷凍電鏡(cryo-EM)和生物化學手段,首次解析了FAN1-PCNA-DNA三元復合物的高分辨率結構,發現Arg507His突變通過破壞FAN1與PCNA的相互作用界面,顯著削弱PCNA對FAN1核酸酶活性的激活能力,從而揭示了該突變加速HD發病的分子機制,為理解DNA重復序列穩定性維持提供了新視角。

  

DNA修復的守護者FAN1為何失效?
在基因組穩定性維持的戰場上,FAN1核酸酶如同一位精準的"分子剪刀",專門負責清除DNA重復序列中因鏈滑移形成的突出結構(extrahelical extrusions)。然而,當FAN1基因發生Arg507His突變時,這種保護機制就會崩潰——攜帶該突變的亨廷頓病患者發病時間平均提前5.2年。這個位于非催化結構域的突變為何有如此"致命"影響?這個謎團困擾了科學界多年。

來自國外研究機構的F. Li、A.S. Phadte等研究者通過冷凍電鏡技術,首次捕捉到FAN1與PCNA(增殖細胞核抗原)在DNA損傷位點形成的三元復合物精細結構。研究發現,FAN1通過獨特的"鉗狀結構"(pincer architecture)與PCNA結合:內顎環(inner mandible loop, aa 482-492)和外顎環(outer mandible loop, aa 505-519)分別咬合在PCNA的兩個疏水口袋上。而Arg507這個關鍵殘基就像"分子鉚釘",通過鹽橋和氫鍵牢牢固定這個界面。當Arg突變為His時,肽鏈主鏈發生6.5 ?位移,導致PCNA激活信號傳遞中斷。

技術方法精要
研究采用冷凍電鏡解析了FAN1-PCNA-DNA復合物的三種構象狀態(分辨率3.4-5.9 ?),結合體外生化實驗驗證突變體功能。通過RFC加載PCNA到環形DNA模擬生理條件,采用放射性標記和Southern blot定量分析核酸酶活性,并開發新型生物素化DNA pulldown技術檢測復合物穩定性。

結構揭秘:PCNA如何激活FAN1
在"結果"部分,研究者通過多角度論證揭示了機制:

  1. 冷凍電鏡結構:三類構象代表FAN1-PCNA-DNA復合物的動態過程:從DNA掃描(class 3)、損傷識別(class 2)到催化準備(class 1)。在最高分辨率(3.8 ?)的class 1結構中,可見(CAG)2突出使DNA產生78°彎曲,這種天然構象被FAN1的SAP結構域識別。
  2. 分子互作網絡:Arg507與PCNA的Asp232形成鹽橋(距離10 ?),還與Pro253形成氫鍵。R507H突變使該距離增至16.5 ?,導致結合能降低(界面面積從775 ?2減至650 ?2)。
  3. 變構效應:突變引發DNA在TPR結構域方向的位移,使催化口袋無法正確定位切割位點。

功能驗證:突變如何導致酶活喪失
生化實驗顯示:

  • 在生理鹽濃度(125 mM KCl)下,野生型FAN1需PCNA激活切割活性(提高8倍),而R507H突變體幾乎無響應。
  • 環形DNA實驗中,RFC加載的PCNA能顯著增強野生型對(CAG)2的切割(主要產生18 nt產物),但突變體活性不足20%。
  • 非經典PIP盒(含Glu506-Arg507-Ser508-Val509)的4A突變體完全喪失PCNA響應性,證實該區域為功能核心。

科學意義與展望
這項發表于《Nature Communications》的研究首次闡明:

  1. 疾病修飾機制:解釋了為何FAN1非催化區的突變會通過破壞PCNA偶聯導致HD早發,為基因診斷提供分子標記。
  2. 修復新范式:提出PCNA通過"齒輪擴散"(cogwheel diffusion)機制引導FAN1沿DNA螺旋移動,實現鏈特異性切割。
  3. 治療潛力:針對PCNA-FAN1界面的小分子可能穩定該復合物,延緩神經退行性病變進程。

研究還暗示這種"鉗狀結合"模式可能普遍存在于其他PCNA伙伴蛋白中,為DNA修復領域開辟了新研究方向。未來工作將探索如何利用這一機制干預其他重復擴展疾。ㄈ绱嘈訶綜合征),讓"分子剪刀"重新守護基因組穩定。

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