基于R語言構建的已知結構物質皮膚致敏潛力預測模型及其與商業軟件的比較研究

《Computational Toxicology》:An R-based predictive model for skin-sensitizing potential of substances with known structures

【字體: 時間:2025年05月12日 來源:Computational Toxicology 3.1

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  為解決化妝品安全評估中動物實驗禁令帶來的挑戰,研究人員開發了基于R語言的人工神經網絡(ANN)模型,用于預測已知結構物質的皮膚致敏潛力(EC3值)。該模型整合了DPRA、KeratinoSensTM和h-CLAT等體外測試數據,其預測準確率達81.3%,與商業軟件QwikNet模型(79.9%)相當。研究證實開源工具可實現與商業軟件相當的預測性能,并通過結合計算機模擬(in silico)和交叉參照(read-across)策略提升預測可靠性,為化妝品安全評估提供了經濟高效的新方法。

  

在化妝品安全評估領域,2013年歐盟全面禁止動物實驗的指令如同一記驚雷,迫使科學家們必須尋找新的技術路徑。皮膚致敏作為化妝品最常見的不良反應之一,其評估曾長期依賴豚鼠最大化試驗和局部淋巴結試驗(LLNA)等動物模型。特別是LLNA提供的EC3值(引起刺激指數為3時的測試物質濃度),一直是國際香料協會(IFRA)進行定量風險評估(QRA)的重要依據。然而禁令實施后,如何在不使用動物的前提下準確預測物質的致敏潛力,成為橫亙在行業面前的技術鴻溝。

面對這一挑戰,科學家們提出了基于不良結局路徑(AOP)的替代策略。AOP將皮膚致敏過程分解為四個關鍵事件(KE):半抗原與皮膚蛋白結合(KE1)、角質形成細胞活化(KE2)、樹突狀細胞活化(KE3)和抗原特異性T細胞增殖(KE4)。圍繞這些KE,研究者開發了DPRA、KeratinoSensTM、h-CLAT等一系列體外測試方法。但單一方法往往難以全面反映復雜的致敏過程,因此需要整合多種測試數據的綜合評估策略(IATA)。

在此背景下,研究人員此前已利用商業軟件QwikNet構建了人工神經網絡(ANN)預測模型。但商業軟件的獲取和使用限制可能阻礙模型的廣泛應用。為此,本研究轉向開源平臺R語言,旨在開發一個具有同等預測性能但更易獲取的新模型。研究團隊從文獻中精選了134種化合物的高質量數據集,這些化合物的LLNA EC3值均通過OECD 429標準獲得,并配套有DPRA、KeratinoSensTM和h-CLAT的測試數據。

關鍵技術方法包括:1) 使用R語言的neuralnet包構建三層ANN模型;2) 輸入參數為DPRA半胱氨酸肽結合率、KeratinoSensTM的IC50值和h-CLAT的CD86/CD54表達水平;3) 通過留一法交叉驗證評估模型性能;4) 對預測不佳的化合物輔以計算機模擬(in silico)和交叉參照(read-across)分析。

比較QwikNet和R模型的準確性
在相同訓練集(134種化合物)上,R模型展現出與QwikNet模型相當的預測性能。兩者的預測值與實測EC3值相關系數(r)分別為0.943和0.926,決定系數(r2)分別為0.889和0.857。更重要的是,R模型的準確率(81.3%)略高于QwikNet模型(79.9%),且過預測率(10.4%)和欠預測率(8.2%)也更為均衡。這表明開源工具完全能夠實現商業軟件的預測精度。

案例研究驗證
對28種未參與訓練的化合物進行盲測時,R模型成功預測了香蘭素等弱致敏劑(實測EC3>20%)和2-巰基苯并噻唑等強致敏劑(EC3<0.1%)。對于少數預測偏差較大的化合物如丁香酚,通過Derek Nexus軟件識別出其醌式結構可能增強致敏性,再結合類似結構的交叉參照分析,顯著改善了預測準確性。

討論與結論
這項研究首次證明ANN模型可以從商業軟件成功遷移到開源平臺。R模型不僅保持了預測LLNA EC3值這一關鍵毒性終點的能力,其開源特性更有利于全球范圍內的推廣應用。研究還創新性地提出"三明治式"評估策略:以ANN預測為核心,對不確定化合物輔以計算機模擬結構警示分析和交叉參照驗證,形成證據權重(WoE)評估體系。

從應用角度看,該模型可直接支持化妝品成分的定量風險評估(QRA),幫助確定無預期致敏效應水平(NESIL)。特別是對香精香料等復雜混合物,模型提供的EC3預測值可作為確定安全邊際的起點。隨著新方法評估(NAM)框架的發展,這種整合體外、計算機和交叉數據的策略,很可能成為下一代風險評估(NGRA)的標準范式。

值得注意的是,模型的成功離不開高質量的訓練數據。本研究精選的LLNA數據均來自標準化實驗,且配套的體外測試均符合OECD測試指南。這種對數據質量的嚴格把控,為模型的可靠性提供了根本保障。未來隨著更多高質量數據的積累,模型的預測范圍和準確性有望進一步提升。

這項發表在《Computational Toxicology》的研究,不僅為化妝品安全評估提供了實用工具,更展示了開源工具在毒理學建模中的巨大潛力。在動物實驗日益受限的背景下,此類研究將加速風險評估向新范式轉型,最終實現保護消費者與替代動物的雙贏。

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