《Scientific Data》:Lifespan reference curves for harmonizing multi-site regional brain white matter metrics from diffusion MRI
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在神經科學研究中,多站點腦成像數據存在可重復性差等問題。研究人員整合十個公共擴散磁共振成像(dMRI)數據集,創建腦白質微觀結構終身參考曲線。結果顯示 ComBat - GAM 方法效果最佳,并發現 ApoE4 與腦白質微觀結構的關聯。該研究為腦成像研究提供重要工具1515。
在神經科學和腦成像領域,腦磁共振成像(MRI)掃描成本高且耗時,大型神經成像研究常需整合多個小研究或多站點的數據。然而,研究設計、樣本納入標準的差異,以及 MRI 掃描和衍生指標受掃描儀軟硬件、采集參數及圖像處理流程的影響,使得多站點神經成像數據難以合并,研究結果的可重復性差。同時,傳統的薈萃分析在處理小樣本、低患病率特征或條件時存在局限性,無法有效區分站點差異和混雜的生物學變量,在壽命研究中還可能稀釋年齡相關效應。為了解決這些問題,來自美國南加州大學(USC)等多個研究機構的研究人員開展了相關研究。
研究人員整合了十個公共擴散磁共振成像(dMRI)數據集(涵蓋 40,898 名受試者,年齡 3 - 95 歲,47.6% 為男性),利用 ENIGMA - DTI 管道提取區域擴散張量成像(DTI)的分數各向異性(FA,一種腦白質微觀結構指標)數據,測試了 ComBat、ComBat - GAM 和 CovBat 三種數據協調方法。通過比較協調后曲線與已知腦白質成熟峰值的一致性,發現 ComBat - GAM 協調提供的多研究軌跡與已知腦白質成熟峰值最為一致,其協調后數據的 FA 峰值年齡大多在 20 - 40 歲之間,符合預期;诖,研究人員創建了全球和區域腦白質微觀結構的規范性終身參考曲線,并將其與修改后的 ComBat - GAM 代碼結合,開發了 eHarmonize Python 軟件包,該軟件包可將新數據協調到內置的終身參考曲線上1516。
研究人員還利用該框架評估了載脂蛋白 E(ApoE)基因型對腦白質微觀結構的影響。在多個數據集中分析發現,攜帶 ApoE4 等位基因的健康個體,在與神經退行性疾病相關的腦白質區域中,FA 顯著降低,且在穹窿(crus)/ 終紋(FX/ST)區域存在顯著的年齡與 ApoE4 的交互作用。此外,研究人員對不同掃描參數對協調參數的影響、區域性別差異以及框架在縱向數據中的性能進行了研究。結果表明,體素大小與協調的偏移參數呈顯著負相關;女性在部分腦區(如穹窿、后丘腦輻射等)的 FA 高于男性;在縱向研究中,基于基線數據建模的協調參數可應用于后續數據,也可在每個時間點獨立建模,但獨立建?赡艽嬖谳p微偏差6713。
該研究成果發表在《Scientific Data》上,其意義重大。首先,研究創建的終身參考曲線和 eHarmonize 軟件包,為研究人員提供了標準化 dMRI 測量的有力工具,使不同站點的研究人員能夠將其數據協調到參考曲線上,避免了因協變量重疊或樣本量差異帶來的問題。其次,研究發現的 ApoE4 與腦白質微觀結構的關聯,為深入理解神經退行性疾病的發病機制提供了新的視角。最后,研究對多站點數據協調和分析方法的探索,為神經科學領域的大規模研究提供了重要參考,有助于推動該領域的發展11516。
主要技術方法
- 數據集整合:收集多個公共 dMRI 數據集,包括兒科、青少年、年輕成人及中老年人的隊列數據,構建參考曲線數據集和評估數據集。
- 圖像數據處理:依據 ENIGMA - DTI 團隊指南對圖像進行預處理,利用 FSL 的 dtifit 計算 FA 和擴散率圖,再經 ENIGMA - DTI 管道處理,提取各腦區的 FA 值。
- 數據協調與模型構建:使用 ComBat、ComBat - GAM 和 CovBat 方法協調區域 FA 指標,通過廣義相加模型(GAM)擬合參考曲線,選擇最佳協調方法后,擬合分位數回歸 GAM 模型生成規范性終身參考曲線23。
- 數據分析:進行年齡峰值比較、曲線相似性分析、性別差異檢驗、訓練與測試數據集比較、掃描參數影響分析、縱向研究及病例研究等多種分析4。
研究結果
- 協調方法評估:定性分析顯示,三種協調方法均使研究的 FA 軌跡在年齡上更好地對齊,但 ComBat 和 CovBat 的 FA 峰值年齡大多在 20 歲之前,ComBat - GAM 的 FA 峰值年齡大多在 20 - 40 歲之間,與預期相符,故選擇 ComBat - GAM 創建終身參考曲線85。
- 終身參考曲線特征:除胼胝體壓部(SCC)外,多數腦區的 FA 峰值年齡在 20 - 40 歲之間,SCC 在 20 多歲時出現平臺期,68 歲時再次達到峰值;多數腦區的終身軌跡與全球 FA 參考曲線相似度高,但穹窿(FX)例外;女性在部分腦區的 FA 高于男性,多數腦區男性 FA 更高,且未發現顯著的年齡與性別的交互作用96。
- 協調后分析:訓練集和測試集的 FA 值協調到參考曲線后,平均絕對誤差(MAE)無顯著差異;體素大小與協調的偏移參數呈顯著負相關;ApoE4 攜帶者在多個腦區的 FA 顯著降低,且在 FX/ST 區域存在年齡與 ApoE4 的交互作用;在縱向研究中,協調后的年齡效應與原始數據的相關性較高,但獨立協調基線和隨訪數據時,年齡效應相關性略有降低,且部分腦區效應量變小101112。
研究結論與討論
研究成功創建了區域 FA 測量的終身參考曲線,并應用 ComBat - GAM 方法對其進行了優化。研究發現不同腦區的 FA 隨年齡變化呈現不同趨勢,存在性別差異,且 ApoE4 對腦白質微觀結構有顯著影響。然而,研究也存在局限性,如年齡范圍采樣不均衡、訓練數據協議較為單一等。未來研究可進一步擴大樣本量,納入更多不同年齡范圍和采集協議的數據,探索不同采集參數對結果的影響,改進模型以更好地考慮群體變異性和更多模型參數?傮w而言,該研究為腦白質微觀結構的研究提供了重要的參考框架和工具,有助于推動神經科學領域對腦發育和神經退行性疾病的研究141517。