Nature子刊:在常見代謝物樣本中發現了1000多種以前未檢測到的蛋白

【字體: 時間:2024年07月19日 來源:AAAS

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  范安德爾研究所的科學家們已經在普通代謝物樣本中發現了1000多種以前未檢測到的蛋白質,盡管采用了提取方法來清除它們,但它們仍然存在。該研究結果發表在《自然通訊》雜志上,為科學家提供了新的見解和工具,以改進未來的代謝組學實驗,包括在提取過程中去除這些蛋白質的新方案。該研究并沒有使先前的結果無效,而是強調了在實驗設計和分析中適當的控制和驗證的重要性。

  

范安德爾研究所的科學家們在常見代謝物樣本中發現了1000多種以前未檢測到的蛋白質,盡管采用了提取方法來清除它們,但這些蛋白質仍然存在。

該研究結果發表在《自然通訊》雜志上,為科學家提供了新的見解和工具,以改進未來的代謝組學實驗,包括在提取過程中去除這些蛋白質的新方案。該研究并沒有使先前的結果無效,而是強調了在實驗設計和分析中適當的控制和驗證的重要性。

科學的進步往往是偶然和敏銳觀察的結合。在這種情況下,我們在實驗中注意到一個奇怪的結果,深入研究,發現這一巨大的蛋白質景觀通過標準代謝物提取而滑落,”VAI質譜核心主任,該研究的通訊作者Ryan Sheldon博士說!斑@些蛋白質會模糊結果,并可能導致假陽性和假陰性。我們希望我們的發現能夠提高人們對這些蛋白質組偷渡者的認識,并進一步加強代謝組學領域的研究!

長期以來,人們一直認為,用于提取代謝物的化學物質會破壞樣品中存在的蛋白質,從而防止它們干擾最終的分析。該研究表明,一些蛋白質持續存在,這可能會改變所提取樣品的期望表型并改變結果。

為了篩除這些潛在的有問題的蛋白質,謝爾登和他的同事在他們的標準提取過程中增加了一個過濾步驟,去除大于3千道爾頓的蛋白質——這是一個包含大多數蛋白質的閾值。

“最終,我們可以擁有世界上最好的儀器,但如果樣品制備存在問題,那么技術只能帶我們到此為止,”謝爾登說!按_保我們的表型不含任何混淆蛋白對于獲得準確結果至關重要。我們的發現幫助我們做到了這一點!

該研究由VAI質譜核心研究科學家Molly Hopper博士和當時的van Andel研究所研究生Rae House博士牽頭。House博士現在是VAI Evan Lien博士實驗室的癌癥表觀遺傳學培訓計劃支持的博士后研究員。

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